Итак господа, решение найдено и опробовано, но сначала о причинах: Я не вижу никакого другого объяснения, кроме того, что это технологический просчёт. Расскажу подробнее - всем известно, что зацепление между ведущей и ведомой шестернями осуществляется за счёт "рожек" на одной, и приёмных вырезов на второй. Так вот, на всех передачах заход практически на вю длину "рожек"... кроме 2-й передачи!!!!! Именно у этой пары заход составляет всего-лишь половину толщины шестерни (в районе 2-3мм), при этом в положении нейтрали зазор между "рожками" и телом шестерни составляет около 4мм. Вопрос - НА ХРЕНА?
В общем этот момент приводит к следующей цепочке - от времени и интенсивности использования, "рожки" подслизываются на гранях, как и приёмные отверстия, соответственно возникает конус, смещающий вектор усилия при нагрузке. То есть, если неизношенная ведущая шестерня передаёт момент исключительно поперёк оси вращения, то изношенная начинает попутно "выдавливать" саму себя из зацепления. А что держит ведущую шестерню? ВИЛКА! В мотокоробках (есть правда исключения) нет синхронизаторов и косых зубчатых венцов, поэтому усилие "выдавливания" передаётся на вилку КПП, существенно ускоряя износ рабочих пятаков.
Идём далее. Сточенные пятаки позволяют ведущей шестерне получить люфт, по оси вала, соответственно уменьшая заход в ведомую шестерню, что в свою очередь создаёт эффект проскакивания "рожек" (щелчки).
При этом ударные нагрузки передаются через вилку на лабиринт копирного вала, что является одной из причин возникновения сколов.
Теперь к сути вопроса - методом экспериментов были подобраны параметры проставочных шайб, смещающих ведомую шестерню навстречу ведущей. В результате имеем заход на ВСЮ ТОЛЩИНУ шестерни. Сечение масляного канала в шейке шестерни уменьшается некритично. Смещение зубчатого венча относительно венца ответной шестерни на ведущем валу так-же несущественно и на работе КПП не сказывается.
Шайбы изготовлены из стали (тут не помню %)) и закалены. Есть чертежи и мощности для изготовления, так-же планируется некий запас в наличии. В этом месте ОГРОМНОЕ СПАСИБО Валерии Валентиновне!!!!! 
ВАЖНО!!!!!!: У кого уже есть проблемы со 2-й передачей, это не 100% выход, а лишь временное средство, потому как уже изношена вилка, или копирный вал, или всё сразу. Данная модификация позволяет забыть о проблеме только при наличии живых вилки и вала!!!
Проверить состояние вилки можно слив масло и сняв поддон картера. Оттуда видно валы КПП и вилки, ниже я прикреплю схематичное изображение живой и полумёртвой вилок. Оценить состояние копирного вала крайне трудно без снятие и разбора двигателя.
Теперь ньюансы: Желающим произвести данную манипуляцию самому, выдам комплект шайб (по стоимости изготовления на заводе), инструкцию по установке и несколько полезных советов по разбору/сборке двигателя. Так-же могу подъехать и потыкать пальцами (в пределах Москвы и разумного 
), но выловить меня крайне трудно, и времени у меня очень мало.
Вариант второй - могу разобрать/собрать двигатель и установить шайбы. Но!!! Господа, я думаю все понимают, что это время и работа, так что готовьте деньги. Потом прошу не забывать, что у меня НЕ СЕРВИС и браться за энное количество двигателей я не могу, поэтому пока по одному. Ещё, при вскрытии могут обнаружиться косяки, требующие устранения. Но поскольку двигатель всё равно разобран, то тащите запчасти - заодно сделаю (без дополнительных затрат).
Подводим итоги: Все жаждущие помощи по первому и второму варианту - добро пожаловать в личку, там обсудим все детали. В теме форума ТОЛЬКО ПО СУЩЕСТВУ!!!!! За флуд попадёте в игнор по этому вопросу (просто перестану реагировать).
PS:Цену за переборку пока не скажу, надо подумать, чтобы и мне не обидно, и вам не шибко напряжно было.
Вот так, как-то...
